Lire et comprendre un article scientifique, le guide pour débutants – Jennifer Raff

L’article de la semaine dernière ( « La vérité sur les vaccins : votre médecin est plus compétent que Google ») a déclenché une discussion très vive, avec des commentateurs essayant de me persuader (et les autres lecteurs) que leur article démontrait que tout ce que j’avais dit était faux. Même si je vous encourage à aller lire ces commentaires et à y contribuer aussi, je veux me concentrer ici sur la question plus large que ce débat a soulevé : qu’est ce qui constitue l’autorité scientifique.

Cet article est une traduction de  : How to read and understand a scientific paper: a guide for non-scientists

Ce n’est pas juste un problème académique abstrait : se tromper sur l’état de la science a de réelles conséquences. Par exemple, quand une communauté refuse de vacciner ses enfants car ils ont peur des « toxines » et pensent que prier (ou un régime particulier, du sport et « une vie saine ») suffit à prévenir les infections, des épidémies surviennent.

Soyez sceptiques, mais lorsque les preuves arrivent, acceptez-les. Michael Specter

Qu’est ce qui constitue une bonne preuve ? Évidemment, tout le monde a une réponse différente à cette question. Mais pour se forger une opinion réellement éclairée sur un sujet scientifique, il faut vous familiariser avec les recherches en cours dans ce domaine. Et dans ce but, il va falloir lire la littérature de recherche principale (souvent simplement appelée « la littérature »).

Il se peut que vous ayez essayé de lire des articles scientifiques avant et que vous ayez été frustré par la forme dense, guidée et le jargon peu familier qui l’accompagne. Je me rappelle avoir ressenti cela. Lire et comprendre les articles de recherche est un talent que chaque docteur et scientifique doit acquérir durant ses études.

Vous le pouvez aussi, mais comme pour toute compétence, cela demande de la patience et de la pratique.

Je veux aider les gens à devenir plus familiers avec la science, donc j’ai écrit ce guide pour qu’un novice puisse appréhender comment approcher, lire et comprendre un article. Il est destiné à tous les gens n’ayant aucune formation en science ou en médecine et se base sur le postulat que la personne lisant un article le fait dans le but d’en obtenir une compréhension basique et de pouvoir décider si oui ou non il s’agit d’une étude fiable.

Le genre d’article dont il sera question ici fait partie de ce que l’on appelle revues primaires (et parfois « littérature blanche »). Il s’agit d’un rapport revu par les pairs sur une nouvelle recherche concernant une ou des question(s) spécifique(s) et fournissant des réponses nouvelles. Un autre type d’article utile est un article de revue. Ces derniers sont également revus par les pairs mais ne présentent pas de nouvelles informations, à la place, ils résument de nombreux articles primaires afin de donner du sens au débat sur le consensus et répondre à une série de question au sein d’un même domaine. (Je ne vais pas en dire beaucoup plus ici mais prêtez attention au type d’article que vous êtes en train de lire. Rappelez-vous qu’ils ne sont qu’un instantané de la recherche au moment de leur publication. Un article de revue sur, disons, les études sur les associations pan-génomiques datant de 2001 ne sera pas très utile en 2013.Il y a eu tellement de recherches entre ces deux date que le domaine a considérablement évolué).

Avant de commencer, quelques conseils généraux :

Lire un article scientifique est un processus complètement différent de celui de la lecture d’un article sur la science dans un magazine de vulgarisation ou un blog. Non seulement, vous devrez lire les sections dans un ordre différent de leur présentation, mais il faudra aussi prendre des notes, les lire à de multiples reprises et probablement aller regarder d’autres papiers pour certains détails. Lire un seul article risque de vous prendre très longtemps la première fois. Soyez patient, le processus sera de plus en plus rapide au fur et à mesure que vous prendre de l’expérience.

La plupart des articles peuvent être divisés selon le plan suivant : abstract, introduction, méthodes, résultats et conclusion/interprétation/discussion. L’ordre exact dépendra du journal dans lequel il est publié. Certains journaux ont des fichiers additionnels (appelés Informations En ligne Supplémentaires) qui contiennent d’importants détails de la recherche, mais qui sont publiés en ligne au lieu de l’être dans l’article (faites attention à ne pas rater ces fichiers).

Avant de commencer à lire, notez les auteurs et leurs affiliations institutionnelles. Certaines d’entre elles (l’Université du Texas, par exemple) sont très respectées ; d’autres (The Discovery Institute) peuvent sembler légitimes en tant qu’institutions de recherches mais ont en fait des motivations peu académiques. (Dans ce cas précis il est me possible de se renseigner via votre moteur de recherche favori).

Notez également le journal dans lequel l’article est publié. Dans le domaine de la biomédecine, vous pouvez utilisez l’index de Pubmed, pour les autres, Web of Science est un index très complet. Dans tous les cas, méfiez-vous des journaux douteux.

Au fur et à mesure de votre lecture, notez tous les mots que vous ne comprenez pas. Il faudra aller vérifier leur signification (oui, tous, les uns après les autres). Je sais que c’est une vraie horreur mais vous ne comprendrez pas l’article si vous n’en comprenez pas le vocabulaire. Les termes scientifiques ont un sens extrêmement précis.

Les instructions pas-à-pas

1 – Commencez par lire l’introduction, pas l’abstract

L’abstract est ce paragraphe dense situé en tête, au tout début de l’article. En fait, c’est souvent la seule partie de l’article que les non-scientifiques lisent lorsqu’ils essayent de construire un argument scientifique (il ne faut pas faire ça, ne le faites pas!).

Lorsque je choisis quels articles je vais lire, je décide de ce qui correspond à mes besoins en me basant sur une combinaison du titre et de l’abstract. Mais lorsque j’ai une collection d’article à lire en profondeur, je lis toujours l’abstract en dernier. Je fais cela parce qu’il contient un résumé succinct d’un papier entier et que j’ai peur d’être biaisée sans le vouloir par l’interprétation que les auteurs font du résultat.

2 – Identifiez la GRANDE QUESTION

Pas « De quoi est ce que ce papier parle ? » mais « Quel problème de ce domaine est-ce que cet article essaye de résoudre ? ».

Cela vous aidera à vous concentrer sur le pourquoi de cette recherche. Cherchez attentivement des indices de motivations peu académique.

3 – Résumez le background en cinq phrases ou moins

Voilà quelques questions pour vous guider : quels travaux ont été réalisés auparavant dans ce domaine pour répondre à la GRANDE QUESTION ? Quelles sont les limites de ces travaux ? Qu’est ce qui, d’après leurs auteurs, devraient être fait ensuite ?

Le côté « 5 phrases » est un peu arbitraire, mais cela force à être concis et à vraiment vous immerger dans le contexte de cette recherche. Vous devez être capable d’expliquer pourquoi ce travail a été réalisé si vous voulez le comprendre.

4 – Identifiez les QUESTIONS SPÉCIFIQUES

À quoi les auteurs essaient-ils exactement de répondre avec leur recherche ? Il peut y avoir de nombreuses questions ou juste une seule. Notez-les et si c’est le genre d’étude qui teste une ou plusieurs hypothèses nulles, notez-les aussi.

Vous ne savez pas ce qu’est une hypothèse nulle ? Allez lire ceci puis revenez à mon dernier billet et lisez l’un des articles que j’ai mis en lien (comme celui-ci) et essayez d’identifier l’hypotèse nulle dedans. Gardez à l’esprit que tous les papiers ne font pas ce genre de test.

5 -Identifiez l’approche

Que font les auteurs pour répondre aux QUESTIONS SPÉCIFIQUES ?

6 – Maintenant, lisez la section de la méthodologie. Dessinez un schéma pour chaque expérience, montrant exactement ce qu’ont fait les auteurs.

Je veux dire, dessinez-les vraiment. Incluez autant de détails que nécessaire pour pleinement comprendre le travail. Comme exemple, voilà ce que j’ai dessiné pour comprendre la méthode d’un article que j’ai lu aujourd’hui (Battaglia et al. 2013: “The first peopling of South America: New evidence from Y-chromosome haplogroup Q”). Il y a probabkement moins de détail que ce dont vous auriez besoin, parce que c’est un papier dans ma spécialité et que j’utilise cette méthode tout le temps. Mais si vous étiez en train de lire ça et que vous n’arriviez pas à savoir ce que « process data with reduced-median method using Network » veut dire, il faudrait aller chercher.

Vous n’avez pas besoin de comprendre la méthode au point que vous puissiez la répliquer – ça c’est le travail des relecteurs – mais vous n’avancerez à rien si vous n’êtes pas capable d’expliquer les bases de la méthode à quelqu’un d’autre.

7 – Lisez la section des résultats. Écrivez un ou plusieurs paragraphes pour résumer les résultats de chaque expérience, chaque image et chaque tableau. N’essayez pas encore de décider ce que les résultats veulent dire, écrivez simplement ce qu’ils sont.

Vous allez vous apercevoir que, notamment dans les bons papiers, la majorité des résultats sont résumés dans les images et tableaux. Faites-y particulièrement attention. Vous aurez aussi peut-être besoin de vous référer à la section des documents en ligne afin de trouver certains résultats.

C’est à ce moment que des difficultés peuvent survenir si des test statistiques sont utilisés dans l’article et que vous n’avez pas le bagage nécessaire pour les comprendre. Je ne peux pas vous enseigner les stats dans ce billet, mais ici, ici et là vous trouverez des ressources basiques pour vous aider. Je vous invite fortement à vous familiariser avec.

Les choses auxquelles prêter attention dans la section des résultats :

• Chaque fois que les termes « significatifs » et « non-significatifs » sont employés. Ces mots ont des significations très précises. Plus d’informations ici.

• S’il y a des graphiques, comportent-ils des indicateurs de marge d’erreur ?

• La taille d’échantillon : l’étude a-t-elle été conduite sur 10 ou 10.000 personnes ? (dans certains cas, 10 personnes suffisent mais pour la plupart c’est bien plus)

8 – Les résultats répondent-ils aux QUESTIONS SPÉCIFIQUES ? Que pensez-vous qu’ils signifient ?

N’allez pas plus loin tant que vous n’avez pas réfléchi à ça. C’est très bien de changer d’avis à la lumière de l’interprétation des résultats par l’auteur – en fait, ce sera probablement le cas si vous êtes toujours un débutant dans ce genre d’analyse – mais c’est une très bonne habitude que de commencer à vous faire votre propre opinion avant d’aller lire celle des autres.

9 – Lisez la section de conclusion/discussion/interprétation.

Qu’est ce que les auteurs pensent que les résultats signifient ? Êtes-vous d’accord avec eux ? Pouvez-vous trouver une façon alternative de les interpréter ? Les auteurs identifient-ils des faiblesses dans leur propre étude ? En voyez-vous qu’ils auraient manqué ? (ne supposez jamais qu’ils sont infaillibles) Que propose-t-ils comme pistes pour le futur ? Quel est votre avis sur le sujet ?

10 – Maintenant, retournez au début et lisez l’abstract.

Est-il raccord avec ce que les auteurs disent dans l’article ? Avec votre interprétation personnelle ?

11- Étape finale (ne passez surtout pas à côté) : que disent les autres chercheurs de cet article ?

Qui sont les experts (auto-proclamés ou reconnus) de ce domaine ? Ont-ils critiqué l’étude sur des points auxquels vous n’aviez pas pensé ou la supportent-ils en général ?

Pour cela, vous pouvez utiliser Google. Mais faites-le en dernier afin d’être mieux préparé à penser de façon critique à ce que les autres disent.

Un autre moyen pratique de connaitre les critiques formulées sur une étude est le site PubPeer, et bonne nouvelle : il existe en extension pour votre navigateur préféré. NDT